La politique de l’eau dans le bassin Rhône-Méditerranée est coordonnée par le préfet coordonnateur de bassin. Il est assisté pour cette tâche par le délégué de bassin, et au sein de la DREAL Auvergne-Rhône-Alpes par le service bassin Rhône-Méditerranée et plan Rhône.
La DREAL a donc en charge l'application des politiques européennes de l'Eau (dont la DCE), la mise en oeuvre des politiques territoriales et la gestion des données à l'échelle du bassin du Rhône et des bassins de l'arc méditerranéen.